Pondok Pesantren Tahfizhul Quran Syifaul Qulub Pontianak berasal dari nama Asrama Pendidikan Tahfizhul Quran (APTQ) yang didirikan pada tanggal 16 Juni 2016 oleh seorang Hafizhul Quran yang bernama Ustadz. M. Moechlas Safi', S. Pd. I bin Ali Muchtarom Al-Jawi dan istrinya Ustadzah. Humairah, S. Pd. I binti Rahimi, S. Pd. I.
Awalnya beliau mengutarakan niat tersebut kepada (alm) H. Waltopo untuk mendirikan pesantren, akhirnya mendapatkan hibah rumah dari (alm) H. Manshur Ali yang beralamat Jalan Ujung Pandang Gang Hanura 6A, untuk ditempati para santri menghafal Alquran.
sehingga pada tahun 2019, para santri semakin ramai, akhirnya dibangunlah asrama baru yang diwaqafkan oleh H. Djamaluddin Malik (Mantan Direktur Bank KALBAR).